ونفذ الإرهابي باروخ جولدشتاين، بمشاركة قوات الاحتلال الإسرائيلي وجموع مستوطني "كريات أربع"، المجزرة البشعة فجر يوم الجمعة الخامس عشر من رمضان الموافق الخامس والعشرين من فبراير عام 1994.
وأثناء تنفيذ المذبحة قام جنود الاحتلال المتواجدون في الحرم بإغلاق أبواب المسجد لمنع المصلين من الهرب، كما منعوا القادمين من خارج الحرم للوصول إلى ساحته لإنقاذ الجرحى، وفي وقت لاحق استشهد آخرون برصاص جنود الاحتلال خارج المسجد وأثناء تشييع جنازات الشهداء، مما رفع مجموعهم إلى 50 شهيدا، 29 منهم استشهدوا داخل المسجد.
وفي نفس اليوم، تصاعد التوتر في مدينة الخليل وقراها وكافة المدن الفلسطينية، وقد بلغ عدد الشهداء الذين سقطوا نتيجة المصادمات مع جنود الاحتلال 60 شهيدا.
وأغلقت قوات الاحتلال الإسرائيلي الحرم الإبراهيمي والبلدة القديمة لمدة ستة أشهر كاملة بدعوى التحقيق في الجريمة، وشكلت ومن جانب واحد ما يعرف بلجنة "شمغار"، للتحقيق في المجزرة وأسبابها، وخرجت اللجنة في حينه بعدة توصيات، منها تقسيم الحرم الإبراهيمي إلى قسمين، وفرضت واقعا احتلاليا صعبا على حياة المواطنين الفلسطينيين في البلدة القديمة.
كما وضعت اللجنة الحراسات المشددة على الحرم، وأعطت اليهود الحق في السيادة على الجزء الأكبر منه، نحو 60 % بهدف تهويده والاستيلاء عليه، وتكرر منع رفع الآذان في الحرم الإبراهيمي مرات عديدة.
ويضم القسم المغتصب من الحرم مقامات وقبور أنبياء، منها قبر سيدنا يعقوب وزوجته، وقبر سيدنا إبراهيم وزوجته سارة، وقبر سيدنا يوسف، إضافة إلى صحن الحرم وهي المنطقة المكشوفة فيه.
وعزز جنود الاحتلال الإجراءات الأمنية على مدخل الحرم، حيث توجد بوابة إلكترونية، وما يسمى ببوابة القفص، ونقاط المراقبة على باب الأشراف، وكل هذا في مساحة لا تزيد عن 200 متر مربع، إضافة إلى وضع 26 كاميرا داخل الحرم، وإضاءات كاشفة وإغلاق جميع الطرق، باستثناء طريق واحد تحت السيطرة الإسرائيلية.
