ويضم المجلس «الكنيسة القبطية الأرثوذكسية والكنائس الأرثوذكسية الشقيقة في مصر، الطائفة الإنجيلية (الكنائس الإنجيلية)، الكنيسة الكاثوليكية، كنيسة الإسكندرية للروم الأرثوذكس، الكنيسة الأسقفية».
والمجلس هو هيئة كنسية يعمل على خدمة الكنائس الأعضاء والوطن، وهو لا يعمل في السياسة ولا يتدخل فيها، والكنائس الأعضاء في هذا المجلس كنائس مستقلة في ذاتها، وفى نظامها، وعقائدها.
ويتعاون المجلس مع المجالس المسكونية المسيحية والمتفق عليها حاليا من الجميع، وهى مجلس الكنائس العالمى، مجلس كنائس الشرق الأوسط، مجلس كنائس أفريقيا.
ويهدف المجلس إلى تعميق المحبة وحياة الشركة والتعاون بين الكنائس بكل مذاهبها في مصر، والسعى نحو وحدتها، وتدعيم العمل المسيحى وخدمة الوطن تحت مظلة المواطنة المصرية الأصيلة.
