تواجه الجامعات العديد من الأزمات سواء المتعلقة بالطلاب أو العاملين أو أعضاء هيئة التدريس، وأولى هذه المشاكل "الأمن الجامعى،" خاصة أن هناك معاناة استمرت على مدى الـ8 أشهر الماضية من عنف وشغب داخل الجامعات من قبل بعض الطلاب التابعين للإخوان وتسببوا في إشعال النيران في بعض المبانى سواء التعليمة والإدارية، ولم يستطع الأمن الإداري مواجهة حالات العنف لقلة أعدادهم وعدم تسليحهم وعدم قدرتهم على مواجهة عدد كبير من المتظاهرين، ومن المفترض أن يحسم الوزير القادم الأمر إما بعودة الحرس الجامعى أو زيادة أعداد الأمن الإداري بالجامعات.
كما يشمل الملف الطلابى، بعض الأزمات الأخرى وأبرزها اللائحة الطلابية الجديدة، التي تسببت في تعطيل إجراء انتخابات اتحاد الطلاب على مدى عام ونصف العام.
أما مطالب العاملين بالجامعات فتمثلت في اعتماد قانون إنشاء صندوق العاملين من قبل رئيس الجمهورية إلى جانب اعتماد قانون الحد الأدنى للأجور وتطبيقه على جميع القيادات الأكاديمية والإدارية وأيضًا توفير علاج لأسرهم وأبنائهم بمستشفيات الجامعة، خاصة أنهم يعانون من تجاهل واضح في تنفيذ مطالبهم منذ ثورة 25 يناير.
أما أعضاء هيئة التدريس فقط طالبوا بإلغاء انتخابات رؤساء الجامعات والقيادات الجامعية لعدم وجود معايير واضحة للترشيح والاختيار وتسببت في وجود شلل وأحزاب داخل الكليات المختلفة، إلى جانب تعديل قانون تنظيم العمل بالجامعات والذي لم يتغير من صدوره في عام 1959.
