واستعرض مجلس كنائس مصر بنص اللائحة أن تكون الكنيسة وطنية ليس لها علاقة يالسياسة وتضم الكنيسة الأرثوذكسية والكنيسة الكاثوليكية والكنيسة الانجيلية والروم الأرثوذكس والكنيسة الاسقفية والهدف منها توحيد الكنائس وخدمة المجتمع ويكون مقرها بالقاهرة وتسدد كل كنيسة من الكنائس الخمس إشتراك عضوية سنوى قدره 20000 جنية يُسدد مرة واحدة أو على قسطين متساويين في أول العام الميلادى وفى منتصفه ويعقد مجلس الرؤساء اجتماعاً أو أكثر فى السنة، ويجوز أن يدعو إلى اجتماع طارئ متى اقتضت الضرورة لذلك .
ووفقا للائحة أيضا تمثل كل كنيسة برئيسها وأعضاء اللجنة التنفيذية والأمين المشارك فيكون نصيب كل كنيسة فى هذا التمثيل خمسة ممثلين و يجتمع المحفل العام سنوياً تحت رئاسة الهيئة العليا و يقوم الأمين العام بإفادة الجهات أو اللجان المعنية، كل فيما يخصه ، فى خلال أسبوع من صدور قرارات مجلس الرؤساء تكون مدة رئيس اللجنة التنفيذية سنتين، وبحسب الترتيب الدورى للكنائس الخمس ، وتختاره كنيسته من بين ممثليها.
وايضا يكون الاجتماع قانونياً متى حضره أكثر من 50 % ، وتكون القرارات ملزمة للكافة بعد الموافقة عليها بنسبه أكثر من 50 % من الأصوات الصحيحة ، ويحدد رئيس اللجنة مع باقى الأعضاء نظام التصويت وعند تغيب العضو أكثر من ثلاث مرات متتالية ، وبدون عذر مقبول ، يتم إخطار كنيسته بذلك لاتخاذ اللازم .
ويتولى الأمين العام متابعة جميع أعمال المجلس، وخدماته، ولجانه، وانشطته كما يقوم بتنفيذ قرارات مجلس الرؤساء واللجنة التنفيذية
ويمارس المجلس أنشطة من خلال مجموعة من اللجان وهى لجنة الدراسات اللاهوتية والحوار ولجنة الدياكونية (الخدمة الإجتماعية) ولجنة الطفولة، لجنة الشباب، لجنة المرأة، لجنة التربية الكنيسة، لجنة خدام الرعايا (الكهنة والقسوس )، لجنة الطوارئ، اللجنة المالية، اللجنة القانونية، لجنة الرؤى والتخطيط والمتابعة، لجنة العلاقات و لجنة الإعلام والنشر .
